Όργανα διοίκησης της ΠΕΔ Πελοποννήσου είναι:
1. Η Γενική Συνέλευση (Γ.Σ.)
2. Το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.)
3. Η Εκτελεστική Επιτροπή ( Ε.Ε.)
4. Ο Πρόεδρος
5. Το Εποπτικό Συμβούλιο (Ε.Σ.)
Η Γενική Συνέλευση της ΠΕΔ Πελοποννήσου αποτελείται από τους εκπροσώπους των Δήμων της Περιφέρειας Πελοποννήσου. Οι εκατόν είκοσι πέντε (125) εκπρόσωποι που την απαρτίζουν είναι οι εικοσιέξι (26) Δήμαρχοι της Περιφέρειας Πελοποννήσου και οι ενενήντα εννέα (99) Δημοτικοί Σύμβουλοι, οι οποίοι εκλέγονται από τα Δημοτικά Συμβούλια των Δήμων, σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 9 του Π.Δ. 75/2011, όπως έχει τροποποιηθεί και σήμερα ισχύει.
Το Διοικητικό Συμβούλιο της ΠΕΔ Πελοποννήσου αποτελείται από εικοσιένα (21) μέλη, εκ των οποίων δώδεκα (12) είναι Δήμαρχοι και εννέα (9) Δημοτικοί Σύμβουλοι. Τα μέλη αυτά εκλέγονται από τη Γενική Συνέλευση, σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 10 του Π.Δ. 75/2011, όπως έχει τροποποιηθεί και σήμερα ισχύει.
Η Εκτελεστική Επιτροπή της ΠΕΔ Πελοποννήσου αποτελείται από πέντε (5) μέλη. Τα πέντε μέλη που την απαρτίζουν είναι ο Πρόεδρος, ο Αντιπρόεδρος, ο Γραμματέας της ΠΕΔ και δύο (2) μέλη του Δ.Σ., τα οποία εκλέγονται μεταξύ των μελών του Δ.Σ., σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 13 του Π.Δ. 75/2011.
Ο Πρόεδρος της ΠΕΔ Πελοποννήσου είναι ο Πρόεδρος του Δ.Σ.
Το Εποπτικό Συμβούλιο της ΠΕΔ Πελοποννήσου αποτελείται από τρία (3) μέλη, τα οποία εκλέγονται από τη Γ.Σ. της ΠΕΔ, σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 11 του Π.Δ. 75/2011.
Ο Πρόεδρος, ο Αντιπρόεδρος και ο Γραμματέας της ΠΕΔ Πελοποννήσου εκλέγονται μεταξύ των μελών του Δ.Σ., σύμφωνα με το άρθρο 13 του Π.Δ. 75/2011.
Ο Πρόεδρος και ο Αντιπρόεδρος του Ε.Σ. της ΠΕΔ Πελοποννήσου εκλέγονται μεταξύ των μελών του Ε.Σ., σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 14 του Π.Δ. 75/2011.
Η θητεία όλων των οργάνων ακολουθεί τη Δημοτική Περίοδο.